辛光洙釈放署名問題
菅は社民連所属新人議員時代に、先輩議員にあたる田英夫の求めに応じ、在日韓国人政治犯釈放の要望書に署名したが、この中に北朝鮮による日本人拉致の実行犯である辛光洙を始めとする北朝鮮のスパイ容疑者10名が含まれており、現在に至るまで世論から批判・追及を受ける事となる（辛光洙#在日韓国人政治犯釈放の要望書について参照）。
在日韓国人違法献金問題
外国人からの違法献金問題で前原誠司が外務大臣を辞任した直後の2011年3月11日、資金管理団体が、2006年と2009年に、金融機関の元理事で、現在、横浜市内で不動産業や飲食店などを営む複数の会社で代表取締役を務め、町田市などでパチンコ店を3店舗経営し年商が約50億円にのぼる河本善鎬という通名の日本人名を持つ在日韓国人から計104万円の献金を受け取っていたことが朝日新聞の取材で発覚した。在日韓国人系金融機関は、旧横浜商銀信用組合（現中央商銀信用組合）。献金を行った元理事は在日韓国人で、外国人からの献金を禁じた政治資金規制法違反にあたる。なお献金を受け取った2006年は民主党代表代行、2009年は政権交代後、副総理兼国家戦略担当大臣だった時期にあたる,菅本人は献金の受け取りを認めたが、元理事が外国人だということは知らなかったと主張している。また首相続投の意思を示しているが、自民党、公明党、みんなの党からは首相退陣を求める声があがっている。
同年4月8日、菅の資金管理団体「草志会」はこの男性が韓国籍であると確認した上で、新聞で報じられた3月11日に「落ち着いたら何でもしますから、とにかく逃げて下さい」、3月12日に｢過去も現在も未来も会ったことはなかったことにしてほしい」と2度に渡り菅本人が直接在日韓国人男性の携帯に電話連絡をした後、受け取った献金104万円を在日韓国人男性に3月14日に返却していたことが分かった。また、神奈川県の住民らが菅に対する告発状を東京地検に提出している。政治資金規正法第二十二条の五では外国勢力の政治への影響を排除するため「何人も外国人、外国法人から、政治活動に関する寄付を受けてはならない」と規定し、違反すれば3年以下の禁固か50万円以下の罰金となる。罪が確定すれば、公民権停止の対象ともなる。
日本人拉致事件容疑者親族の政治団体への献金問題
2011年4月に行われた第17回統一地方選挙三鷹市議選に、よど号ハイジャック事件を起こしたよど号グループの元リーダー田宮高麿と、石岡亨・松木薫を欧州から北朝鮮に拉致した結婚目的誘拐容疑で国際手配を受けている森順子容疑者の長男森大志が立候補したが、この森が所属する政治団体「市民の党」（東京、酒井剛代表）から派生した政治団体「政権交代をめざす市民の会」（神奈川、奈良握代表）に菅の資金管理団体「草志会」が2007年に5000万円、2008年に1000万円、2009年に250万円の、計6250万円の政治献金を行っていたことが政治資金収支報告書から明らかになった。国会中継も行われた2011年7月6日の衆院予算委員会での石原伸晃への答弁において、政治献金をしていたのは「事実」と認め、7月7日の衆議院予算委員会で、自民党の磯崎陽輔議員への答弁で、6250万円を与える意味は何なのかと聞かれた際には、「私の判断で寄付をした」「党の活動の連携支援のためだった。政治的にいろいろな意味でプラスになると考えた」と述べたが詳細は明らかにせず、返金要請の可能性については「返金を求めるつもりはない」と明確に否定している。加えて、政権交代をめざす市民の会に5000万円を提供した2007年、民主党から草志会に計1億2300万円の献金があり民主党が事実上市民の党などを支えていた形だった。 菅が自社さ与党訪朝団の一員として1995年3月に平壌を訪問した際、当時、対日工作を仕切っていた北朝鮮の金容淳党国際部長（朝鮮アジア太平洋平和委員会委員長）から、菅や鳩山由紀夫が贈り物を受け取っている写真も見つかっており、この件については、自民党も弁護士や会計士、元警察官僚などを中心とする菅首相拉致関係献金疑惑追及プロジェクトチームを立ち上げ調査を始めており、7月29日には、平沼赳夫が代表を務める超党派の「拉致救出議員連盟」が全会一致で、この献金問題を解明する調査特別委員会を設置することを決め、調査には東祥三拉致担当副大臣や拉致被害者の支援団体も協力すると明言しており、アメリカ情報機関や公安当局も献金先の団体に関心を寄せている。
また菅は、1979年から月2～3回刊行され2002年以降は休刊状態となっており、よど号ハイジャック犯の元リーダー田宮高麿の著書「わが思想の革命」の書評に大きく紙面を割き、「チョソン（北朝鮮）に来てから、これまでの18年間は自己を革命化する日々だった」という田宮が北朝鮮から送ったメッセージを1988年4月に掲載し、酒井代表が主筆を務め市民の党が推す議員の選挙を詳しく報じるなど事実上の機関紙として機能していた「市民の党をつくる新聞」と書かれた新聞「新生」に対し、1983年の衆院選を前に、菅を「市民派の象徴というべき人物」と紹介したインタビューに応じ、軍縮に絡み「レーガン米大統領とアンドロポフソ連書記長をスペースシャトルに乗せて青い地球を見せる」と述べており、1984年1月の紙面には「市民政治の芽を太い幹に」との見出しで「労働運動と市民運動が両輪となるような運動のあり方をぜひ追求したいと思う」といったメッセージを寄せていた。市民の党の酒井代表は、菅が初当選した選挙を手伝い、民主党議員約100人の選挙応援も行った間柄で、酒井も「菅とは30年ぐらい前からの付き合い」と述べている。
この件に関して北朝鮮による拉致被害者家族連絡会のメンバーもコメントしており、有本嘉代子は「日本の政治家がやることとは思えない」「政治家がいかにいいかげんか身をもって感じている。拉致被害者家族としてだけでなく、一人の日本人として、菅さんに即刻辞めてくださいと言いたい」と述べ、斉藤文代は「故田宮高麿元リーダーの長男が市議選に出て、落選したことは知っていた。選挙で当選するかどうかは有権者が決めることで私がどうこう言うことではないが、献金が事実なら到底考えられない」と述べ、家族会事務局長の増元照明は「そうした首相の姿勢すべてに対し疑念を持たざるを得ない」「拉致問題解決を目指すと語る首相の言葉が本当なのか。きちんと説明してほしい」と述べており、増元は菅が答弁では謝るつもりはないと述べた2011年7月21日の参院予算委員会で参考人として出席した際、「家族会を14年前に結成し、日本社会の闇、政治の闇に翻弄されながら戦ってきた。やっと金正日総書記に拉致事件を認めさせたが、今回の献金話を聞いて、こんなことがあっていいのかと考えさせられた。横田めぐみさんの母、早紀江さんは『何を信じていいのか分からない。政府を信じていいのか…。吐き気がするほど具合が悪くなった』と語っていた。わたしたちが闘ってきて、ようやく北朝鮮に拉致を認めさせる流れをつくったが、再びわたしたちが闘わなければならない闇が生じているのではないかとの危惧を抱いている」「菅首相は辛元死刑囚の嘆願書への署名について、うかつだったと説明され、われわれ家族会も了承していたが、これで2度目だ。先ほどから分からない、知らなかったなどと答弁されていたが、国民の前で献金の意図を明確にしてほしい」と訴えたが、菅は手元の資料に目を落とし増元の顔をまともに見ようとせず「そういうことがあるなら大変申し訳なく思う」と、あくまで条件付きで陳謝している。
この献金問題についてテレビは、関西テレビ放送、2011年7月25日放送のビートたけしのTVタックル、7月31日放送のたかじんのそこまで言って委員会が大々的に取り扱った以外では、7月22日放送ひるおび!の『飛び出す新聞バン!』、7月21日にフジテレビ、7月29日にTBSとテレビ朝日が、わずかに報じたのみで、それ以外ではNHKも含めた在京テレビ局をはじめとした多くのテレビ局は一切報道せず沈黙を貫いており、新聞においても、7月7日と7月21日に時事通信が、7月30日に東京新聞が、7月21日と8月9日に毎日新聞、朝日新聞がわずかに報じたのみで、7月7日からは読売新聞が少しずつ報じるようになってきてはいるものの、夕刊フジを含む産経新聞のみが大々的に連日報道している状態である。この問題が積極的に報道されない理由については、菅が総理になった後の官邸日記に社会市民連合を一緒に立ち上げた盟友の江田五月と銀座の某バーに行ったことが書かれており、社会市民連合を立ち上げた安東仁兵衛が中心で作っていた極左雑誌『現代の理論』でバーのママは小説、映画評論をやっており、菅は編集の手伝いをしていたことからバーの60代のママと菅直人は友人関係にあるのではないかとしたうえで、バーは田英夫のことをいつも褒め称えていたような左翼思想に共鳴する新聞などの、記者、毎日新聞を含む政治部における役職が高い者などがよく集まっており、そこで合法ということもあり無視しておこうという話になっているのではないかという説や、婦人組織などを牛耳り、菅の選挙活動に力を入れている婦人の菅伸子は安東仁兵衛と面識があり親しい間柄であることから、一役買っている可能性があるのではないかという説もある。
女性スキャンダル
- 戸野本優子とのダブル不倫騒動
週刊文春によると1998年11月、全日空ホテル23階にて、キャスターの戸野本優子とともにいるところを週刊誌の記者に撮影された。これに対し菅は男女関係を否定。その際の「一夜は共にしたが男女関係はない」「（妻から）脇が甘いと言われた」という表現が、世間の流行語となった。本件については、日本テレビ系の「ザ・ワイド」において、有田芳生が詳細な調査を行い、連日、報道していた。その後、戸野本が手記を暴露本「瓦解」として出版。2002年5月の週刊新潮によると一連の騒動について、菅は出版社を提訴したが、そのときの顧問弁護士は仙谷由人であった。
- 韓国人女性との不倫・隠し子騒動
週刊文春2010/6/24号に「菅直人「オンナ」の噂を追う」として韓国人ホステスとの間に隠し子がいるとの記事が掲載された。情報の真偽の程は不明であるが、韓国人ホステスは実は国家情報院に通じている（スパイの疑いあり）ともされ、自民党は調査に乗り出した、と報道している。同様の報道はシンガポールの「星洲日報」や台湾の新聞ネット版「自由電子報」香港の「shina.com.hk」でもニュースとして報道されている。
酔っ払いの独り言 